Rođena je 1926.g. u Trebinju, BiH.
Osnovno obrazovanje stjecala je u različitim gradovima Kraljevine Jugoslavije i SFRJ.
Maturirala je u Sremskoj Mitrovici 1944.g.
1945.g. upisuje Medicinski fakultet Sveučilišta u Zagrebu.
1951. – 1952.g. završava obvezni liječnički staž u Bolnici Sestara milosrdnica (tadašnja Bolnica „dr. Mladen Stojanović“) u Zagrebu.
1953. – 1956.g. - specijalizantica pedijatrije u Bolnici Sestara milosrdnica u Zagrebu.
1956.g. polaže specijalistički ispit s odličnim uspjehom.
1956.g. uvodi obavezno cijepljenje djece protiv TBC-a.
1956. – 1957. g. boravi na Endokrinološkom odjelu Great Ormond Street Hospital for Sick Children-London, gdje stječe osnovna znanja iz dječje endokrinologije uz profesore Paynea i Lightwooda..
1958.g. izabrana je za asistenta Klinike za dječje bolesti – Rebro Medicinskoga fakulteta Sveučilišta u Zagrebu.
1959.g. — s kolegom D. Tepavčevićem, u vrlo ograničenim uvjetima, uspijeva kariotipizirati bolesnike s Turnerovim i Downovim sindromom.
Od 1958. – 1962.g. predaje pedijatriju u Višoj školi za medicinske sestre u Zagrebu.
1962.g. postaje voditelj I. dojenačkog odjela Klinike za dječje bolesti na Rebru.
1963.g. odlazi kao research associate na Columbia University, SAD.
1964.g. — research associate na Dartmouth Collegeu u Hanoveru u američkoj državi New Hampshire.
1967. — proglašena doktoricom godine s temom „Downov sindrom u svjetlu moderne citogenetike“, s posebnim osvrtom na djecu rođenu od mladih majki.
1967.g. na poziv profesora dr. Dempsyja odlazi na Columbia University kao „visiting scientist“ i u suradnji s kolegama iz SAD-a objavljuje četiri znanstvena rada.
1969.g. postaje predavač, 1971.g. docent, a 1973.g. honorarni izvanredni profesor na Defektološkom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu.
1970.g. dr. Ljiljana Zergollern osniva Centar za humanu genetiku, vezan za Dječju kliniku KBC-a i Medicinski fakultet Sveučilišta u Zagrebu.
1970.g. godine odlazi ponovo na Columbia University i to kao„ visiting profesor“.
Habilitira 1969. godine s temom „Gonosomske kromosomopatije“ i stječe naslov docenta na Medicinskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu.
1974.g. dobiva naslov primariusa, 1976.g. postaje izvanredni, a 1979. redoviti profesor Pedijatrije na Medicinskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu.
1991. godine, nakon 40 godina intenzivnoga i plodnoga rada u medicini, dr Ljiljana Zergollern odlazi u mirovinu.
1996.g. postaje prva žena u zvanju profesor emeritus/emerita Sveučilišta u Zagrebu.
Prof. dr. sc. Ljiljana Zergollern-Čupak umrla je 13. lipnja 2021. u 96. godini. Bila je izniman liječnik i vrhunski znanstvenik.